Разработка мультиплексной системы для определения маркеров предрасположенности к развитию сердечно-сосудистых заболеваний

Разработана мультиплексная система для определения мутаций в локусах rs5985, rs1799983, rs5918, rs2243093, rs4673, rs4646994, rs1722009, rs3980933, rs71103505, ассоциированных с развитием сердечно-сосудистых заболеваний. Данные мутации относятся к различным типам - SNP, STR, Ins/Del - поэтому для их определения использованы технологии минисеквенирования и фрагментного анализа. Проведен анализ олигонуклеотидов для амплификации всех локусов в формате одной реакции. Технология минисеквенирования по сравнению с фрагментным анализом потребовала дополнительных этапов пробоподготовки, в связи с чем олигонуклеотиды для локусов с SNP были объединены в отдельный плекс. Для двух созданных плексов оптимизированы одинаковые состав амплификационной смеси и параметры программы ПЦР реакции, разработаны панели «бинов» для интерпретации результатов. Апробация системы подтвердила возможность определения мутаций в девяти локусах с высокой чувствительностью и воспроизводимостью.

1. Genome-wide polygenic scores for common diseases identify individuals with risk equivalent to monogenic mutations / A. V. Khera [et al.] // Nat. Genet. - 2018. - Vol. 50, N 9. - P. 1219-1224. http://doi.org/10.1038/s41588-018-0183-z

2. Detection of single base substitutions in total genomic DNA / R. M. Myers [et al.] // Nature. - 1985. - Vol. 313, N 6002. -P. 495-498. http://doi.org/10.1038/313495a0

3. PCR-SSCP: a simple and sensitive method for detection of mutations in the genomic DNA / K. Hayashi // Genome Research. - 1991. - Vol. 1, N 1. - P. 34-38. http://doi.org/10.1101/gr.1.1.34

4. Differentiation of bacterial 16S rRNA genes and intergenic regions and Mycobacterium tuberculosis katG genes by structure-specific endonuclease cleavage / M. A. Brow [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 1996. - Vol. 34, N 12. - P. 3129-3137. http://doi.org/10.1128/JCM.34.12.3129-3137.1996

5. Reflections on a DNA mutation scanning tool / P. Y. Kwok // Nat. Biotechnol. - 2001. - Vol. 19, N 1. - P. 18-19. http://doi.org/10.1038/83454

6. The use of resolvases T4 endonuclease VII and T7 endonuclease I in mutation detection / J. J. Babon [et al.] // Methods Mol. Biol. - 2000. - Vol. 152. - P. 187-199. http://doi.org/10.1385/1-59259-068-3:187

7. RNaseCut: a MALDI mass spectrometry-based method for SNP discovery / S. Krebs [et al.] // Nucleic. Acids. Res. -2003. - Vol. 31, N 7. - P. e37. http://doi.org/10.1093/nar/gng037

8. Fluorescence polarization in homogeneous nucleic acid analysis II: 5'-nuclease assay / S. Latif [et al.] // Genome Res. -2001. - Vol. 11, N 3. - P. 436-440. http://doi.org/10.1101/gr.156601

9. The Invader assay for SNP genotyping / M. Olivier // Mutat. Res. - 2005. - Vol. 573, N 1-2. - P. 103-110. http://doi.org/10.1016/j.mrfmmm.2004.08.016

10. SNP genotyping with FRET probes. Optimizing the resolution of heterozygotes / A. Martinez-Garcia [et al.] // Mol. Cell Probes. - 2004. - Vol. 18, N 4. - P. 211-214. http://doi.org/10.1016/j.mcp.2004.03.003

11. Multilocus genetic risk scores for venous thromboembolism risk assessment / J. M. Soria [et al.] // J. Am. Heart Assoc. -2014. - Vol. 3, N 5. - P. e001060. http://doi.org/10.1161/JAHA.114.001060

12. Relationship between common eNOS gene polymorphisms and predisposition to coronary artery disease: Evidence from a meta-analysis of 155 published association studies / J. Yu [et al.] // Genomics. - 2020. - Vol. 112, N 3. - P. 2452-2458. http://doi.org/10.1016/j.ygeno.2020.01.019

13. Atherosclerotic and thrombotic genetic and environmental determinants in Egyptian coronary artery disease patients: a pilot study / M. S. Fawzy [et al.] // BMC Cardiovasc. Disord. - 2017. - Vol. 17, N 1. - P. 26. http://doi.org/10.1186/s12872-016-0456-3

14. Клинико-генетический анализ факторов риска развития острой и хронической ишемии головного мозга / А. B. Анисимова [и др.] // Журнал неврологии и психиатрии. - 2019. - Т. 119, № 3. - С. 62-67. http://doi.org/10.17116/jnevro201911903262

15. Association analysis of rs1049255 and rs4673 transitions in p22phox gene with coronary artery disease: A casecontrol study and a computational analysis / M. Mazaheri [et al.] // Ir. J. Med. Sci. - 2017. - Vol. 186, N 4. - P. 921-928. http://doi.org/10.1007/s11845-017-1601-4

16. Clinical Genetic Testing for Familial Hypercholesterolemia: JACC Scientific Expert Panel / A. C. Sturm [et al.] // J. Am. Coll. Cardiol. - 2018. - Vol. 72, N 6. - P. 662-680. http://doi.org/10.1016/j.jacc.2018.05.044

17. Ethnic differences in the association between angiotensin-converting enzyme gene insertion/deletion polymorphism and peripheral vascular disease: A meta-analysis / C. Han [et al.] // Chronic Dis. Transl. Med. - 2017. - Vol. 3, N 4. - P. 230-241. http://doi.org/10.1016/j.cdtm.2017.07.002

18. The relationship between coronary artery ectasia and eNOS intron 4a/b gene polymorphisms / A. Ekmekci [et al.] // Acta Cardiol. - 2013. - Vol. 68, N 1. - P. 19-22. http://doi.org/10.1080/ac.68.1.2959627

19. The bradykinin type 2 receptor BE1 polymorphism and ethnicity influence systolic blood pressure and vascular resistance / M. M. Pretorius [et al.] // Clin. Pharmacol. Ther. - 2008. - Vol. 83, N 1. - P. 122-129. http://doi.org/10.1038/sj.clpt.6100250

20. ACE Insertion/Deletion Polymorphism (rs4646994) Is Associated With the Increased Risk of Multiple Myeloma / S. Zmorzynski [et al.] // Front. Oncol. - 2019. - Vol. 9. - P. 44. http://doi.org/10.3389/fonc.2019.00044

21. The -9/+9 polymorphism of the bradykinin receptor Beta 2 gene and athlete status: a study involving two European cohorts / M. Sawczuk [et al.] // Hum. Biol. - 2013. - Vol. 85, N 5. - P. 741-756. http://doi.org/10.3378/027.085.0511

22. Real-time PCR (qPCR) primer design using free online software / B. Thornton and C. Basu // Biochem. Mol. Biol. Educ. - 2011. - Vol. 39, N 2. - P. 145-154. http://doi.org/10.1002/bmb.20461

23. Multiplex PCR and minisequencing of SNPs--a model with 35 Y chromosome SNPs / J. J. Sanchez [et al.] // Forensic. Sci. Int. - 2003. - Vol. 137, N 1. - P. 74-84. http://doi.org/10.1016/s0379-0738(03)00299-8