Оптимизация технологии получения направляющих РНК на планшетном автоматическом синтезаторе
https://doi.org/10.29235/1561-8331-2022-58-4-398-406
Аннотация
Разработан протокол синтеза и подобраны подходящие реагенты для получения направляющих РНК-олигонуклеотидов для системы CRISPR/Cas на автоматическом синтезаторе ASM-2000 в масштабе 500 нмоль. Отработаны методики выделения, очистки и аналитического контроля синтетических РНК-олигонуклеотидов. С использованием улучшенной технологии получены олигонуклеотиды, являющиеся направляющими РНК для системы CRISPR Cas12a.
Ключевые слова
Об авторах
Е. А. Улащик
Институт физико-органической химии, Национальная академия наук Беларуси
Россия
Россия
Улащик Егор Александрович – научный сотрудник.
Ул. Сурганова, 13, 220072, Минск
Т. П. Ахламёнок
Институт физико-органической химии, Национальная академия наук Беларуси
Россия
Россия
Ахламёнок Татьяна Петровна – младший научный сотрудник.
Ул. Сурганова, 13, 220072, Минск
П. Ю. Борищик
Институт физико-органической химии, Национальная академия наук Беларуси
Россия
Россия
Борищик Полина Юрьевна – младший научный сотрудник.
Ул. Сурганова, 13, 220072, Минск
О. Л. Шарко
Институт физико-органической химии, Национальная академия наук Беларуси
Россия
Россия
Шарко Ольга Леонидовна – кандидат химических наук, ведущий научный сотрудник.
Ул. Сурганова, 13, 220072, Минск
В. В. Шманай
Институт физико-органической химии, Национальная академия наук Беларуси
Россия
Россия
Шманай Вадим Владимирович – кандидат химических наук, заведующий лабораторией.
Ул. Сурганова, 13, 220072, Минск
Список литературы
1. Bajan, S. RNA-Based Therapeutics: From Antisense Oligonucleotides to miRNAs / S. Bajan, G. Hutvagner // Cells. – 2020. – Vol. 9, N 1. – P. 1–26. https://doi.org/10.3390/cells9010137
2. Khvorova, A. The chemical evolution of oligonucleotide therapies of clinical utility / A. Khvorova, J. K. Watts // Nat. Biotechnol. – 2017. – Vol. 35, N 3. – P. 238–248. https://doi.org/10.1038/nbt.3765
3. Kang, K. N. RNA aptamers: a review of recent trends and applications. / K. N. Kang, Y. S. Lee // Adv. Biochem. Eng. Biotechnol. – 2013. – Vol. 131 – P. 153–169. https://doi.org/10.1007/10_2012_136
4. The Limitless Future of RNA Therapeutics / T. R. Damase [et al.] // Front. Bioeng. Biotechnol. – 2021. – Vol. 9, March. – P. 1–24. https://doi.org/10.3389/fbioe.2021.628137
5. Kole, R. RNA therapeutics: Beyond RNA interference and antisense oligonucleotides / R. Kole, A. R. Krainer, S. Altman // Nat. Rev. Drug Discov. – 2012. – Vol. 11, N 2. – P. 125–140. https://doi.org/10.1038/nrd3625
6. The CRISPR revolution and its potential impact on global health security / K. E. Watters [et al.] // Pathog. Glob. Health. – 2021. – Vol. 115, N 2. – P. 80–92. https://doi.org/10.1080/20477724.2021.1880202
7. Novel crispr–cas systems: An updated review of the current achievements, applications, and future research perspectives / S. Nidhi [et al.] // Int. J. Mol. Sci. – 2021. – Vol. 22, N 7. – P. 1–42. https://doi.org/10.3390/ijms22073327
8. Khalil, A. M. The genome editing revolution: review / A. M. Khalil //j. Genet. Eng. Biotechnol. – 2020. – Vol. 18, N 1. – Art. N 68. https://doi.org/10.1186/s43141-020-00078-y
9. Allen, D. Using Synthetically Engineered Guide RNAs to Enhance CRISPR Genome Editing Systems in Mammalian Cells / D. Allen, M. Rosenberg, A. Hendel // Front. Genome Ed. – 2021. – Vol. 2. – P. 1–16. https://doi.org/10.3389/fgeed. 2020.617910
10. Swarts, D. C. Cas9 versus Cas12a/Cpf1: Structure–function comparisons and implications for genome editing / D. C. Swarts, M. Jinek // Wiley Interdiscip. Rev. RNA. – 2018. – Vol. 9, N 5. – P. 1–19. https://doi.org/10.1002/wrna.1481
11. Efficient target cleavage by Type V Cas12a effectors programmed with split CRISPR RNA / R. Shebanova [et al.] // Nucleic Acids Res. – 2022. – Vol. 50, N 2. – P. 1162–1173. https://doi.org/10.1093/nar/gkab1227
12. Caruthers, M. H. A brief review of DNA and RNA chemical synthesis / M. H. Caruthers // Biochem. Soc. Trans. – 2011. – Vol. 39, N 2. – P. 575–580.
13. Pradère, U. Chemical synthesis of long RNAs with terminal 5′-phosphate groups / U. Pradère, F. Halloy, J. Hall // Chem. – A Eur. J. – 2017. – Vol. 23, № 22. – P. 5210–5213. https://doi.org/10.1002/chem.201700514
14. Roy, S. Synthesis of DNA/RNA and their analogs via phosphoramidite and H-phosphonate chemistries / S. Roy, M. Caruthers // Molecules. – 2013. – Vol. 18, N 11. – P. 14268–14284. https://doi.org/10.3390/molecules181114268
15. The allylic protection method in solid-phase oligonucleotide synthesis. An efficient preparation of solid-anchored DNA oligomers / Y. Hayakawa [et al.] //j.am. Chem. Soc. – 1990. – Vol. 112, N 5. – P. 1691–1696. https://doi.org/10.1021/ja00161a006
16. Chemical synthesis of a very long oligoribonucleotide with 2-cyanoethoxymethyl (CEM) as the 2′-O-protecting group: Structural identification and biological activity of a synthetic 110mer precursor-microRNA candidate / Y. Shiba [et al.] // Nucleic Acids Res. – 2007. – Vol. 35, N 10. – P. 3287–3296. https://doi.org/10.1093/nar/gkm202
Рецензия
Просмотров: 467
Послать статью по эл. почте 