Cинтез тиолсодержащих ДНК-олигонуклеотидов с использованием фосфорамидитного реагента на основе транс-4-гидрокси-L-пролинола

Осуществлен синтез нового фосфорамидитного реагента на основе транс-4-гидрокси-L-пролинола для получения тиолсодержащих олигонуклеотидов. Реакционная способность введенных тиольных групп была продемонстрирована на примере реакций с тиол-специфичными реагентами. Конъюгаты после модификации были очищены гель-фильтрацией и охарактеризованы с помощью ВЭЖХ-МС.

1. Connoly, B. A. Chemical synthesis of oligonucleotides containing a free sulphydryl group and subsequent attachment of thiol specific probes / B. A. Connolly, P. Rider // Nucleic Acids Res. - 1985. - Vol. 13, № 12. - P. 4485-4502. https://doi.org/10.1093/nar/13.12.4485

2. Beaucage, S. L. The functionalization of oligonucleotides via phosphoramidite derivatives / S. L. Beaucage, R. P. Iyer // Tetrahedron. - 1993. - Vol. 49, № 10. - P. 1925-1963. https://doi.org/10.1016/S0040-4020(01)86295-5

3. Preparation of enzyme-conjugated DNA probe and application to the universal probe system / S. Nakagami [et al.] // Anal. Bicohem. - 1991. - Vol. 198, № 1. - P. 75-79. https://doi.org/10.1016/0003-2697(91)90508-q

4. Use of maleimide-thiol coupling chemistry for efficient syntheses of oligonucleotide-enzyme conjugate hybridization probes / S. S. Ghosh [et al.] // Bioconjugate Chem. - 1990. - Vol. 1, № 1. - P. 71-76. https://doi.org/10.1021/bc00001a009

5. A fluorescence-based method for determining the surface coverage and hybridization efficiency of thiol-capped oligonucleotides bound to gold thin films and nanoparticles / L. M. Demers [et al.] // Anal. Chem. - 2000. - Vol. 72, № 22. - P. 5535-5541. https://doi.org/10.1021/ac0006627

6. Lee, J. S. Colorimetric detection of mercuric ion (Hg2+) in aqueous media using DNA-functionalized gold nanoparticles / J. S. Lee, M. S. Han, C. A. Mirkin // Angew. Chem. Int. Ed. - 2007. - Vol. 46, № 22. - P. 4093-4096. https://doi.org/10.1002/anie.200700269

7. Armarego, W. L. F. Purification of laboratory chemicals / W. L. F. Armarego, C. L. L. Chai. - 6th ed. - Burlington: Butterworth-Heinemann, Elsevier Inc., 2009. - 752 p.

8. Bannwarth, W. A simple and effective chemical phosphorylation procedure for biomolecules / W. Bannwarth, A. Trzeciak // Helv. Chim. Acta. - 1987. - Vol. 70, № 1. - P. 175-186. https://doi.org/10.1002/hlca.19870700122

9. Chemical synthesis of deoxyoligonucleotides by the phosphoramidite method / M. H. Caruthers [et al.] // Methods Enzymol. - 1987. - Vol. 154. - P. 287-313. https://doi.org/10.1016/0076-6879(87)54081-2

10. Phosphoramidite reagents and solid-phase supports based on hydroxyprolinol for the synthesis of modified oligonucleotides / M. Yu. Tatulchenkov [et al.] // Russ. J. Bioorg. Chem. - 2017. - Vol. 43, № 4. - P. 386-396. https://doi.org/10.1134/s1068162017040148

11. Streck, R. Solvent effects on infrared, 13C and 31P NMR spectra of trimethyl phosphate: Part 1. Single solvent systems / R. Streck, A. J. Barnes // Spectrochim. Acta A Mol. Biomol. Spectrosc. - 1999. - Vol. 55, № 5. - P. 1049-1057. https://doi.org/10.1016/S1386-1425(98)00277-7

12. Tecilla, P. Synthetic hydrogen bonding receptors as models of transacylase enzymes / P. Tecilla, V. Jubian, A. D. Hamilton // Tetrahedron. - 1995. - Vol. 51, № 2. - P. 435-448. https://doi.org/10.1016/0040-4020(94)00907-C

13. Azide phosphoramidite in direct synthesis of azide-modified oligonucleotides / M. A. Fomich [et al.] // Org. Lett. - 2014. - Vol. 16, № 17. - P. 4590-4593. https://doi.org/10.1021/ol502155g